Das Mystery kann auf zwei unterschiedliche Arten im Unterricht eingesetzt werden. Einerseits eignet es sich nach der Lektüre von Nathan der Weise, um gemeinsam mit den Schülerinnen und Schülern zentrale Inhalte, Figurenkonstellationen und Konflikte zu rekonstruieren und zu überprüfen, wie gut die Zusammenhänge verstanden wurden. Andererseits kann das Mystery auch vor der eigentlichen Lektüre eingesetzt werden. In diesem Fall dient es dazu, erste Vermutungen über Figuren, Beziehungen und Themen des Dramas aufzustellen und Interesse für die Handlung zu wecken. Nach der Lektüre können die Hypothesen erneut aufgegriffen und mit dem tatsächlichen Verlauf des Dramas verglichen werden.

Das Mystery besteht aus verschiedenen fiktiven Materialien und Fundstücken, beispielsweise Handelsabrechnungen, Tagebuchauszügen, Verordnungen, Predigtfragmenten, Beobachtungsnotizen oder symbolischen Gegenständen wie den drei Ringen. Die Materialien enthalten unterschiedliche Hinweise zu Figuren, Beziehungen, Konflikten und Weltbildern und müssen von den Schülerinnen und Schülern miteinander verknüpft werden.

Das Vorgehen ist dabei stets ähnlich: Die Schülerinnen und Schüler analysieren die einzelnen Hinweise, ordnen sie zueinander und entwickeln daraus Hypothesen über Personen, Motive und Zusammenhänge. Anschließend werden die Ergebnisse im Plenum besprochen und gesichert. Darauf aufbauend können gemeinsam Themencluster gebildet werden, etwa zu Toleranz, Religion, Wahrheit, Macht oder Identität, um zu überlegen, welche Aspekte im weiteren Verlauf der Unterrichtseinheit vertieft bearbeitet werden sollen.